Filla de pare mallorquí i de mare cubana, Margalida Caimari neix a Manzanillo (Cuba) l'any 1839, però la família es trasllada a Mallorca quan Caimari és encara molt jove. 

Pertany a una família de la burgesia comerciant liberal, on l'educació es valora en tant que eina d'ascens social. Per això, rep una bona instrucció al Col·legi de la Puresa de Palma, ciutat on viu gairebé tota la vida. Es casa amb Miquel Bauló i Oliver, també descendent d'una família de comerciants, i tenen una filla. Es forma en un ambient conservador i cristià, ideologies que assumeix, en gran part, com a pròpies.

Aviat es distingeix com a poeta: primer, llegeix algunes composicions a l'Ateneu Balear, un fet encara poc habitual entre les dones de l'època. Poc després, comença a participar en les vetllades poètiques que organitza Josep Lluís Pons i Gallarza, qui encoratja la seva faceta creativa. En aquestes tertúlies, Margalida Caimari llegeix els seus versos i fa tertúlia literària amb altres escriptores (Angelina Martínez, Manuela de los Herreros, Victòria Penya) i escriptors (Josep Tarongí, Pere d'Alcàntara Penya, Bartomeu Ferrà).

A més de tractar temes com la maternitat, escriu poesia realista d'inspiració popular on tracta qüestions com la soledat de la dona que espera el marit emigrat a Cuba, al poema "Enyorança" (El Isleño,1870). També escriu poesia d'exaltació patriòtica, plenament inserida en el programa ideològic de la Renaixença, on reivindica la unitat de la pàtria catalana. Alguns poemes patriòtics rellevants són "A Miramar", recitat a l'homenatge a Ramon Llull organitzat per l'Arxiduc Lluís Salvador (1877) o "A Catalunya", publicat a El Isleño l'any 1879.

La poesia de Margalida Caimari mai no s'ha publicat en un llibre de poemes; roman dispersa en múltiples revistes literàries i periòdics de Mallorca i de Catalunya (El Isleño, Diario de Palma, Lo Gay Saber, Calendari Català, El comercio, La Tortuga, La Dulzaina o Revista Balear). Això no obstant, algunes de les seves composicions s'han incorporat a antologies: sovint, s'han seleccionat poemes sobre maternitat i infantesa, temàtiques considerades específicament femenines en el context de la Renaixença. Així, per exemple, Jeroni Rosselló incorpora "Amor de mare" a Poetes balears. Segle XIX (1873), que després Sanchis Guarner recupera també per a l'antologia Els poetes Romàntics a Mallorca (1950), canviant-ne el títol per "Goig i dolor".

Paral·lelament, Caimari desenvolupa una tasca important com a benefactora social: s'interessa per la situació de les obreres de l'empresa tèxtil del marit (La Alfombrera); presideix l'Associació d'Obreres de Sant Josep i impulsa, entre altres projectes, la fundació de diverses cases bressol (la primera obre les portes l'any 1904) que ajuden a resoldre els reptes de la conciliació de les famílies més humils. Ella mateixa s'ocupa d'obtenir donatius per mantenir el projecte en marxa i de gestionar les cases: manté el càrrec de presidenta fins al final dels seus dies. També inaugura les escoles diürnes graduades per a fills d'obrers. Tots aquests projectes lliguen amb el catolicisme social que procura, a través d'aquestes accions, respondre a les necessitats dels obrers i aturar la influència del moviment obrer d'esquerres.