Joaquim Nadal i Farreras neix a Girona el 31 de gener de 1948. És el gran de dotze fills de Manuel Nadal i Oller, empresari de la fusta i el suro, i Montserrat Farreras i Forns, professora d’història. Fa els estudis primaris a les Carmelites i a les Escolàpies de Girona, els primers cursos de batxillerat al Col·legi de Santa Maria del Collell, i és membre de l’escoltisme a l’Agrupament Escolta Sant Narcís de Girona. Acabat el batxillerat, fa el preuniversitari a l’Institut de Girona i, posteriorment, estudia la llicenciatura d’Història a la Universitat de Barcelona, on obté el doctorat en història l’any 1975.

El curs 1969-1970 exerceix de professor interí a l’Institut Milà i Fontanals de Barcelona, els dos anys següents fa de professor lector a la Universitat de Liverpool i entre 1972 i 1978 és professor interí a la Universitat Autònoma de Barcelona. En aquesta mateixa universitat, és director del Departament d’Història (curs 1975-1976) i vicedegà de la Facultat de Lletres. Des de 1978 és professor numerari i més tard catedràtic d’Història Contemporània de la UAB, càrrec que, a partir de 1992, exerceix a la Universitat de Girona, on es trasllada amb motiu de la seva inauguració.

El 1979, a les primeres eleccions municipals democràtiques de la postguerra, és elegit alcalde de Girona pel Partit dels Socialistes de Catalunya, càrrec que ocupa fins al 2002. És president de la Federació de Municipis de Catalunya entre 1981 i 1995, i diputat al Parlament de Catalunya entre 1984 i 2012. A partir de 2003 i fins al 2010 és conseller de Política Territorial i Obres Públiques en els governs de Pasqual Maragall i José Montilla. El 2006 també és conseller de la Presidència. De 2010 a 2012 és president del grup parlamentari socialista i cap de l’oposició. L’any 2015 abandona el PSC per desavinença amb la línia política seguida pel partit i posteriorment, el 2022, esdevé conseller de Recerca i Universitats dins el govern d’ERC fins al 2024. A més a més, entre els anys 2013 i 2022, és director de l’Institut Català de Recerca en Patrimoni Cultural (ICRPC).

A més de la seva dilatada experiència política i docent, té una obra extensa com a escriptor i conrea, principalment, l’assaig en llibres de temàtica d’història de Catalunya: L’onze de setembre i el centralisme borbònic (Dopesa, 1977), Conèixer Catalunya. Dos segles d’obscuritat: XVI i XVII (Dopesa, 1979), Història de Catalunya (Oikos-Tau, 1982) —codirigida amb Philipp Wolff—, Conèixer la història de Catalunya. Del segle XVI al XVIII (Vicens Vives, 1983), Catalunya, catalanisme i socialisme (Fundació Rafael Campalans, 2003) i Girona, 1939: porta de l’exili (L’Avenç, 2021), entre d’altres. També té altres textos narratius, sobretot memorialístics, que abasten des de l’àmbit familiar fins al sociopolític: Vides amb nom (Curbet Edicions, 2005), Primer llibre de família (Marquès Tallers Gràfics, 2007), Moments de Girona (Curbet Edicions, 2009), Fent tentines per la vida (Ara Llibres, 2013), Testimoni de càrrec (Proa, 2014), Catalunya, mirall trencat (Pòrtic, 2018) o Confitura de vidre (Univers Editorial, 2023) en són alguns exemples. Col·labora en diversos mitjans de comunicació escrita com L’Avenç, Revista de Catalunya, Revista de Girona, El Punt Avui, Diari de Girona, La Vanguardia, Regió 7, etc. 

El 10 d’abril de 2019 rep el nomenament de doctor honoris causa per la Universitat de Perpinyà Via Domícia.

És soci d’honor de l’Associació d’Escriptors en Llengua Catalana (AELC).